今まで動いていたcummeRbundが突然データの読み込み時にエラーを吐いてしまう話です(このエラーは頻発しているらしい)。
以下の内容はここを参考にいろいろやったのをまとめたものです。
こんなエラー:In rsqlite_fetch(res@ptr, n = n) :
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旬な話題?
cuffidffの出力データを扱うRパッケージ:cummeRbundのデータの読み込み時にエラー。
ラボ内でも別の学生も同じエラーが。
始めはcummeRbund下流で動くパッケージのバージョンが何かの拍子にアップデートしてしまい、それがcummeRbundとかみ合わなくなってるのではないか?と考えていた。

エラーメッセージは序盤中の序盤で起きる。


library("cummeRbund")
extdataPath <- paste("対象ディレクトリのFull Path", sep = " ")
cuff <- readCufflinks(extdataPath)
is(cuff)
cuff


通常では、readCufflinksを行うとRSQLiteが内部で頑張って働くことによって、cuffdiffの様々のアウトプット(TSSやら遺伝子やらRead数やらFPKM値やら)をバイナリにひとまとめにしたデータベース「cuffData.db」を構築します。
詳細は省きますが、RSQLiteはデータベース管理にとってすごく大切な仕事をするコアな部分であります。

さてエラーの方ですが「readCufflinks」でデータを読む込んでいくのですが途中で止まってしまいます。
50件以上のエラーが報告され、停止。
warnings()で確認すると案の上、RSQLiteのエラーでした。

調べてみると、SEQAnswerに最近同じエラーが出た人の投稿が!
さらにそこの回答欄に親切にも bioconductor の掲示板のリンクが!

どうも最近なんかしらのアップデートでcummeRbund(の内部で働くRSQLite)がエラーを起こしているそうです。
個人の環境ではなくcummeRbundのバク?のような感じでひとまず安心。

実は自分、このエラーが一昨日出たのですがその時は、関係しようなパッケージを全てをアップデートしたところ解決しました。
ところが、また昨日変える間際になって同じエラーが出て、しぶしぶ色々と調べ始めた次第です。
そんなわけで今の自分の環境はR 3.4.0 (April, 2017),cummeRbund_2.18.0をはじめ以下の通りです。
SessionInfo()で表示

古いcummeRbund

うーーん、掲示板のやり取りを見てもクリティカルな原因が理解できない…。
ただBioconductorの掲示板の方に解決策が!

kaiketu

なるほど、RSQLiteをバージョン指定でダウンロードし直すわけですね。
と思ってこのコマンドを実行!
しかし、3.4版のRだとのちの cummeRbund のインストールの際に 「curl」と「RSQLite」が Old Package とのメッセージが。
アップデートを要求されるがこれで RSQLite の更新をOKとしてしまうと先ほどダウングレードしてインストールした1.1版が無駄になってしまうので更新を拒否。
そうすると、cummeRbundのインストールがこける。
SessionInfoでじろじろと見比べると、どうもR 3.4版ではcummeRbund1.8版をダウンロードすることになっているそうで、
この1.8版cummeRbundはRSQLite2.0を要求してきてるようである。

2日間の短い付き合いではあったが、Rをダウングレードすることに決定した。
掲示板での親切な方の投稿にあるのと同じ、R 3.3.3 (March, 2017)をインストールした。

インストールの仕方は、ここから対象ファイルをぽちり。
Rstudioをいったん閉じてから、ダウンロードしたEXEファイルを実行。
Rstudioを立ち上げSessionInfoでバージョンのダウングレードを確認する。
OK!


あとは書いてある通りのコマンドを実行

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
##### To install old version of packages:
install.packages("devtools")
require(devtools)
install_version("RSQLite", version = "1.1-2", repos = "http://cran.us.r-project.org")
biocLite("cummeRbund")
library(cummeRbund)


SessionInfoで確認。
新しい

かなり良さそう。
肝心のreadCufflinksを実行。
エラーメッセージを吐きながらもデータベース作成は成功!
エラーの内容も気になるが取り合えずはこんな感じで。
CummeRbundのほうから修正版が来るまではこれで耐えるか…。
以上。